国家现代农业产业技术体系建设是提升我国农业技术创新能力和推进农业现代化的一项重大制度创新。从技术创新与制度创新互动关系理论与实证分析角度出发，运用主成分分析法和Panel Data模型，度量了体系制度安排创新与技术创新效率的互动关系。研究结果表明：体系的一系列制度创新举措，通过激励与约束微观个体技术创新行为，对农业技术创新具有正向促进作用；各微观个体为体系开展科技创新的时间工作效率和经费开支使用效率能显著影响其技术创新效率；相较于时间安排合理程度而言，科研经费投入和使用效率的高低对于技术创新成果取得和技术创新效率大小的影响更为明显。提升体系技术创新效率的关键在于,进一步优化体系的内在制度结构和完善体系制度实施的外部制度环境。