科技产业化组织的有效运作有助于科技-产业的和谐共赢，有助于切实执行国家科技政策，引导产业良性发展，形成积极的创新文化，但也会在一定程度上限制科学的视野，将技术、科学的发展引入误区，导致科技创新体系和经济的安全危机、政府落空和科技发展落空，以及制度公平缺失与制度信任危机、资源浪费、实用文化对社会文化精神的侵蚀等不良外部效应。为了防范科技产业化组织的消极后果，需要培育科研人员的组织伦理意识和人文情怀，开展以科技发展、科技服务为中心的组织文化变革，运用组织外在化和组织内在化策略，适时、适度引导科技产业化组织的自组织化，加强政府行为自律；此外，还需要通过组织伦理的制度化，做好科技产业化组织间关系的良性制度供给和道德的资源动员与管理，并对科技产业化组织在设立、运行中的政府决策、监督机制进行优化。