为了探究高技术产业技术创新、制度创新与产业高端化的协同发展关系，在理论分析基础上构建了复合系统协同度模型，运用2000-2012年数据对我国高技术产业技术创新、制度创新与产业高端化各子系统有序度、子系统协同度和复合系统协同度进行了测量，并运用协整、格兰杰因果检验和脉冲响应模型进行了实证分析。研究显示：高技术产业技术创新、制度创新与产业高端化存在因果关系，各子系统有序度、子系统协同度对复合系统协同度会产生冲击效应，但由于制度创新尚未适应高技术产业发展要求，高技术产业复合系统协同度提升相对缓慢，需要从技术创新、制度创新协同的角度提出推动高技术产业高端化的政策措施。