2008年金融危机后，我国政府在科技活动方面的投入大量增加，如何评价其产出效率并发现约束科技活动效率提高的瓶颈因素，为政府宏观调控提供决策依据，是一个值得研究的问题。运用Malmquist-DEA指数法对2009-2012年内地30个省市的面板数据进行动态评价，在此基础上利用影子价格法对约束创新效率提升的瓶颈因素进行分析。研究发现：①FDI在我国存在知识溢出正效应，当增加FDI投入指标时，创新效率值得到帕累托改善；②我国科技创新效率存在明显梯度特征，东部地区和西部地区效率高，中部地区效率低；③金融危机后，24个省市的科技创新效率提高，主要是通过外部技术进步实现的，而内部资源配置与科技管理水平基本不变；④制约企业科技创新效率提高的瓶颈要素是R&D投入，科研机构与高校的R&D投入对于企业科技创新具有正向溢出效应。