增加财政科技投入，推进科技进步并带动企业科技投入提高已经成为社会各界的共识，但既有研究较少关注不同层级政府财政科技投入比例对地区间财政科技投入均等化和财政科技投入资金公共属性的影响。从公共管理视角出发，以科技财政投入的来源结构和投向结构为核心概念，构建地方政府财政科技投入的体制绩效评估框架。运用框架对广东省的研究显示，广东省以地级市为主的投入体制导致地区间财政科技投入极不均衡，同时导致公益性科学研究投入比例过低，财政资金的公共性较弱。争取更多国家资金、提高省直投入、增加投向公益性科学研究领域的资金，是提高财政科技投入体制绩效的可行办法。