融通创新已成为突破产业链关键核心技术创新瓶颈的重要路径。作为产业链核心主体，链主企业不仅需要强化自身在融通创新中的治理职能，更需要构建支撑产业链关键核心技术创新的多维能力基础。然而，现有研究对链主企业融通创新治理的探讨不足，也未揭示其对关键核心技术创新能力的影响。引入产业链视角，将链主企业融通创新治理策略划分为链路融合治理与主体融合治理，揭示其关键核心技术创新能力包含持续高强度研发投入能力、共性需求驱动基础研究能力、产业数智化转型支撑能力和高影响力创新产出能力4个维度，并以此为基础，系统分析两类治理策略对关键核心技术创新能力的影响机制与边界条件。结果表明：融通创新治理下链路融合治理与主体融合治理均显著提升链主企业关键核心技术创新能力；政府治理情境对上述影响存在差异化调节效应，其中，政府创新补助削弱链路融合治理的促进效应，增强主体融合治理的促进效应；知识产权保护显著增强链路融合治理的作用，而对主体融合治理无显著影响。在链主企业关键核心技术创新能力提升过程中，两类融通创新治理策略分别发挥基于政府创新补助的单门槛效应和双门槛效应。研究对深化链主企业治理职能，加快提升我国企业关键核心技术创新能力具有重要意义，也为政府优化治理情境以实现与企业治理高效协同提供有益参考。